Oddelenie nižších rastlín sa zameriava na štúdium diverzity a taxonómie rias, cyanobaktérií, lichenizovaných a nelichenizovaných húb a machorastov Slovenska. Cieľom vedeckej aktivity je poznanie druhového bohatstva, variability, ekológie a chorológie vybraných skupín bezcievnatých rastlín karpatsko-panónskeho regiónu, prednostne najzachovalejších území Slovenska (národných parkov, biosferických rezervácií). Použitie nových biosystematických prístupov umožňuje riešiť zásadné taxonomické a vývojové vzťahy na úrovni druhov s dopadom na hodnotenie vyšších systematických jednotiek. Rastliny nazbierané na vyššie uvedené účely sa uchovávajú v herbári nižších rastlín Botanického ústavu SAV.

Výsledky základného výskumu sa publikujú v domácich a zahraničných časopisoch a postupne monograficky spracuvávajú v rámci edície „Flóra Slovenska“. Časť výstupov má významné praktické uplatnenie pri bioindikácii stavu a kvality životného prostredia: napr. mapovacie štúdie, index čistoty ovzdušia, index ekologickej kontinuity území, akumulácia ťažkých kovov v rastlinách, monitoring fytoplanktónu.