Projektová činnosť

Národné

POLYPLOID – Pôvod polyploidných komplexov: úloha polyploidizácie a geografickej a ekologickej izolácie
The origin of polyploid complexes: the role of polyploidization, geographical and ecological isolation
Program: APVV
Zodpovedný riešiteľ: prof. RNDr. Marhold Karol CSc.
Anotácia: Témou predkladaného projektu sú mikroevolučné a speciačné procesy v diploidno-polyploidných komplexoch patriacich do čeľade Brassicaceae. Budeme skúmať speciáciu na diploidnom aj polyploidnom stupni, pričom chceme objasniť úlohu spájania a duplikácie genómov ako aj geografickej a ekologickej separácie. Kladené otázky majú širší význam, nad rámec študovaných rodov, a odpovede pomôžu lepšie porozumieť základným procesom polyploidnej speciácie ako takej. Metódy, ktoré budeme používať zahŕňajú štandardné markery využívané v molekulárnej systematike, ako aj metódy založené na sekvenovaní novej generácie, konkrétne RAD-seq („restriction site associated DNA sequencing“, sekvenovanie DNA v oblasti reštrikčných miest) a Hybseq (metóda kombinujúca cielené obohatenie nízkokópiových génov a „genome skimming“, sekvenovanie genómu s nízkym pokrytím, čím sa získajú najmä sekvencie ktoré sú prítomné v mnohých kópiách). Predpokladáme, že s využitím kombinácie početných markerov dôkladnejšie prenikneme do študovaných komplexov druhov a získame vyššiu robustnosť našich výsledkov. Ako komplementárne metódy použijeme prietokovú cytometriu, morfometriku a analýzu ekologických a klimatických ník. Na dosiahnutie cieľov sme vybrali štyri rody z troch rôznych tribusov čeľade Brassicaceae (Alysseae [Alyssum, Odontarrhena], Camelineae [Arabidopsis], Cardamineae [Cardamine]), ktoré reprezentujú rôzne evolučné línie v tejto čeľadi. Využijeme výhodu množstva metód, ktoré sú dostupné a už testované na blízko príbuznom rode Arabidopsis, naše dlhoročné skúsenosti s navrhovanými študovanými rodmi a taktiež už zozbieraný rastlinný materiál.
Doba trvania: 1.8.2018 – 31.7.2022
Prečo sú niektoré druhy úzko endemické a iné široko rozšírené? Štúdium významu biologických vlastností a genetickej variability v troch skupinách blízko príbuzných taxónov z čeľade Asteraceae
Why are some species narrowly endemic while their congeners are geographically widespread? Role of biological traits and genetic variability studied in the three groups of the closely related taxa from the family Asteraceae
Program: VEGA
Zodpovedný riešiteľ: RNDr. Šingliarová Barbora PhD.
Anotácia: Cieľom projektu je štúdium príčin vzácnosti druhov u troch modelových skupín z čeľade Asteraceae (agregát Tephroseris longifolia, skupina Cyanus napulifer a skupina Pilosella alpicola) porovnávaním viacerých biologických charakteristík a genetickej diverzity vzácnych (často endemických) a im blízko príbuzných bežných druhov. Použijeme kombinovaný prístup zahŕňajúci genetické analýzy vysoko variabilných molekulárnych markrov (AFLP, SSRs), analýzu rozdielov vo fitnesse, v ekologickej nike a v schopnosti šíriť sa (pestovateľské experimenty, pôdne analýzy, GIS vrstvy). Výsledky projektu prinesú jednak cenné poznatky o špecifických faktoroch určujúcich veľkosť areálu vo vybraných skupinách čeľade Asteraceae, ale tiež pomôžu nájsť spoločné črty a všeobecnejšie zákonitosti v nami odhalených procesoch. Každá zo skúmaných skupín zahŕňa aj taxóny ohrozené súčasnou ľudskou činnosťou, preto výstupy projektu budú slúžiť tiež ako východisko pre ochranárske odporúčania.
Doba trvania: 1.1.2015 – 31.12.2018