Výskumná infraštruktúra

odstavec1Laboratórium molekulárnej systematiky. Molekulárne laboratórium sa spolupodieľa na riešení otázok taxonómie, fylogenézy, fylogeografie a súvisiacich evolučných procesov v rámci rôznych systematických skupín vyšších aj nižších rastlín. Je zamerané najmä na štúdium odlišností a zmien na úrovni DNA pomocou rôznych metód akými sú AFLP (polymorfizmus dĺžky amplifikovaných fragmentov), SSRs (mikrosatelity – jednoduché opakovania) či sekvenovanie vybraných lokusov. Väčšina dnes používaných molekulárnych metód je založená na variáciách PCR (polymerázovej reťazovej reakcie) a analýze získaných produktov. Laboratórium slúži aj na extrakciu DNA z vysušeného silikagélového rastlinného materiálu alebo z herbárových položiek. Ďalšie používané metódy, ako SSCP (konformačný polymorfizmus jednovláknovej DNA) alebo klonovanie PCR produktov do bakteriálnych buniek, pomáhajú pri separácii rôznych aliel pri diploidných ale najmä polyploidných jedincoch, kedy je priame sekvenovanie konkrétnych lokusov problematické. Molekulárne laboratórium v súčasnosti zavádza aj nové metódy založené na NGS (sekvenovanie ďalšej generácie), akými sú Hyb-Seq a RAD-Seq, kedy sa nesekvenuje a neporovnáva celý študovaný genóm, ale iba niektoré / vybrané lokusy.
odstavec1odstavec1
Laboratórne vybavenie:
• digitálne váhy
• termomixéry
• inkubátor
• magnetické miešadlo
• centrifúgy stolné, chladené
• homogenizátor
• PCR cykléry, gradientové
• aparatúry a zdroje na gélovú elektroforézu a SSCP
• gél-dokumentačný systém s UV svetlom
• transiluminátor s modrým svetlom
• spektrofotometer
• fluorimeter
• zariadenie na výrobu čistej vody reverznou osmózou
• zariadenie na výrobu ultračistej sterilnej vody
• laminárny box s HEPA filtrom
• PCR pracovný box
• digestory
• chladničky a mrazničky
• parné sterilizátory (autoklávy)
• sušiareň

 

odstavec2Laboratórium prietokovej cytometrie. Stanovenie ploidnej úrovne – relatíveho obsahu DNA. Prietokový cytometer PARTEC

 
 
 
 
 
 
 
 
 
 

Mykologické laboratórium – Analytické a izolačné
• pH meter: Chromservis, Eutech instruments, pH 510, Cyberscan
• váha: Kern PCB 1000-2
• UV lampa: Camag, UV box Camag
• drvička: Retsch MM 200
• tepelá komora: KCB 25 W
• chladnička Whirlpool

 

odstavec3b
Mykologické laboratórium – Kultivačné a očkovacie
• autoklav: Certoclav CV-EL 12L/18L
• sušička: HS 202 A
• laminárny box: Thermo Scientific MSC-Advantage
• digitálne váhy: Kern PCB
• termostat: Lovibond ET 618-4/619-4 2ks
• Chladnička: Beko 2ks
• mikroskop: ZEISS Axioscope. A1 s digitálnou kamerou Axiocam 105 colour
• varič: ETA 2107
• mikrovlnka: Panasonic
• magnetické miešadlo: MSH-300 Biosan
• mikroskop: ZEISS Axioscope
odstavec3bodstavec3b

 
 
 
 

Algologické laboratórium a Algologická zbierka
• centrifúga: EBA 270
• sušička: Gemmy 888
• autokláv: Tuttnauer 2540EL
• ultrazvuk: USC 1700TH VWR
• chladničky Gorenje 2 ks
• chladiace osvetlené skrine/ chladnickoveho typu: Whirlpool
• elektrický varič: ETA 2107
• digitálne váhy: KERN 440-33N
• prístroj na destiláciu: Medihum
• pH meter: Jenway 370
• pH meter: Hanna (HI98128 pHep)
• laboratórne váhy: OWA labor
• laboratórne váhy: WA 35

 

Laboratóriá Oddelenia fyziológie rastlín
• BECKMAN COULTER DU 730 -spektrofotometer
• Chladená cetrifúga Eppendorf
• Vertikalna elektroforeza
• Termostaty a sušičky
• Clarkova kyslíková elektróda
• SYNERGY HT Fluorometer
• Hybridiser HB-2D Techne
• Ultraviolet corsslinker UVC-T08 Ultra Lum
• Fluorescenčná lupa BellPhotonics
• Vertikálna elektroforéza
• High performance liquid chormatograph Bio Logics, Bio Rad
• Gel dokumentačný systém
• konfokálny mikroskop FV1000 Olympus
• laminárny box MSC Advantage 1.2
• termocyklér Eppendorf vapo.protec
• termocyklér Biorad C1000
• automatický analyzátor DNA Maxell Pormega
• DNA analyzer 4300 Licor
• gél dokumentačný systém 212PRO Lel Logic
• spektrofometer Nanodrop 2000C Thermo Scientific
• pipetovací robot epMotion 5075 vac Eppendorf
• elektroforéza s teplotným gradientom DCode Biorad
• centrifúga stolná 4-16, Sartorius

 

odstavec3b
Pedologické laboratórium
• sušička laboratórneho skla KBC G – 100/250
• sušička rastlinného materiálu HS 402 A
• predvážky MP – 300
• predvážky Chirana P3/300
• analytické váhy Radwag AS 310/C/2
• trepačka Chirana
• merací prístroj Eutech PC 650 (pH meter, konduktometer)

 
 

Príručný herbár
• stereoskopický videomikroskop DSTM 722 3.0
 

Detašované pracovisko Banská Bystrica

Laboratórium prietokovej cytometrie
– príprava vzoriek a analýza rastlinného materiálu prietokovou cytometriou (PI, DAPI), detekcia veľkosti genómu pre vedecké a vzdelávacie účely
• Prietokový cytometer CyFlow Space

 

Mikroskopická miestnosť slúži na štúdium mikroskopických, anatomických preparátov a herbárových položiek pre vedecké a vzdelávacie účely
• Binokulár Olympus SZ61, 3,35-90x, 3Mpxi CMOS kamera
• Karyologický mikroskop Carl Zeiss Axioscope A1, 5Mpxi CMOS kamera, 10 ks
• USB mikroskop AM 13T Dino-Lite Pro
• Digitálny fotoskener Pentacon Scan 6000 S

 

Laboratórium rastlinnej systematiky slúži na zisťovanie ekologických nárokov a ekofyziologických vlastností rastlín, slúži tiež na prípravu karyologických preparátov pre vedecké a vzdelávacie účely.
• Viacparametrový merací prístroj na analýzu vody WTW Multi 3430 SET F
• Digitálny merač pôdnej vlhkosti Delta-T ML2x ThetaKit, 4 ks
• pH meter EXTECH ExStik pH Meter PH100
• Digitálny merač vodivosti a odporu prieduchov Delta Porometer AP-4, 2 ks
• Detektor kovov Minelab X-TERRA 305
• Pôdny konduktometer Geonics EM38-MK2
• Laboratórne presné váhy Radwag PS 600.PS
• Laboratórna sušiareň 50 l SLW 53 SIMPLE
• Geografický informačný systém (GIS) – vrstvy: 1. Digitálny model reliéfu , 2. Priemerná denná teplota vzduchu vo výške 2 m, 3. Mesačný úhrn zrážok, 4. Mesačný úhrn fotosynteticky-aktívneho slnečného žiarenia, 5. Pôdny pokryv, 6. Krajinná pokrývka