Oddelenie taxonómie vyšších rastlín sa zameriava na štúdium diverzity vyšších rastlín nielen na území Slovenska, ale aj v celých Karpatoch, panónskej oblasti, Východných Alpách a iných častiach Európy. Hlavným cieľom výskumu je floristická a chorologická inventarizácia Karpatsko-panónskeho regiónu, štúdium taxonomických a nomenklatorických problémov vybraných systematických skupín, variability rastlinných populácií a evolúcie flóry Slovenskej republiky. Metodické prístupy, objekty výskumu a prezentácie výsledkov závisia od cieľov jednotlivých projektov riešených na oddelení.