Trocha z histórie
Korene ústavu siahajú do roku 1953, kedy bolo založené Laboratórium geobotaniky a systematiky rastlín SAV a Laboratórium rastlinnej biológie SAV. V roku 1957 sa laboratóriá stali súčasťou novo vzniknutého Biologického ústavu SAV, rozdelením ktorého v r. 1963 vznikol Botanický ústav SAV. V období rokov 1975 - 1990 bol Botanický ústav integrovaný do novo vzniknutého Ústavu experimentálnej biológie a ekológie SAV (tvoril tu Sektor botaniky a Sektor fyziológie rastlín), z ktorého sa znovu vyčlenil 1. júla 1990.

Stručná charakteristika ústavu
Vedecko-výskumná činnosť je zameraná na dva základné okruhy problémov - výskum flóry a vegetácie Slovenska a experimentálny výskum štruktúry a fyziologických funkcií rastlinného organizmu. Nosnými projektmi prvej oblasti sú mnohozväzkové diela Flóra Slovenska, syntetizujúce poznatky o rozšírení a biológii vyšších a nižších rastlín, a Prehľad rastlinných spoločenstiev Slovenska. V druhej oblasti sú projekty zamerané na výskum štruktúry a fyziologických funkcií koreňového systému rastlín a fyziológie stresu. Ústav je zapojený do širokej medzinárodnej spolupráce zahŕňajúcej bilaterálne a multilaterálne projekty a projekty Európskeho spoločenstva. Podieľa sa na spracúvaní medzinárodných projektov Flora Europaea, Prehľad vegetácie Európy, Vegetačná mapa Európy. Má štatút externého školiaceho pracoviska pre doktorandské štúdium vo vedných odboroch botanika, fyziológia rastlín a mykológia. Je tiež sídlom komisií pre obhajobu doktorských dizertačných prác vo vedných odboroch botanika a fyziológia rastlín. Vydáva medzinárodný časopis Biologia - séria Botanika, v anglickom jazyku.

Botanický ústav pozostáva zo štyroch vedeckých oddelení - Oddelenia nižších rastlín, Oddelenia taxonómie vyšších rastlín, Oddelenia geobotaniky, Oddelenia fyziológie rastlín a z Technicko-hospodárskej správy. Vlastní pomerne bohatú knižnicu, Zbierku kultúr siníc a rias a tretiu najväčšiu Zbierku herbárových rastlín, evidovanú v medzinárodnom kompendiu Index herbariorum.