Skúmame živú prírodu z hľadiska ekológie, evolučnej systematiky, fylogeografie, fytocenológie, populačnej genetiky, chorológie a fyziológie. Výskumným objektom sú najmä prirodzene rastúce nižšie (sinice, riasy a huby) a vyššie rastliny a ich spoločenstvá, vrátane inváznych, nepôvodných, endemických, ohrozených a kultúrnych druhov. Venujeme sa tiež výskumu vybraných skupín živočíchov, prevažne bezstavovcov a rýb. Výskumný priestor pokrývajú okrem Slovenska najmä Karpaty a priľahlá Panónia. Dôležitými oblasťami výskumu sú však aj zvyšné časti areálov študovaných organizmov, ako sú napr. Alpy, Mediterán, Škandinávia, Amerika a Ázia.
Územie Slovenska, rozprestierajúce sa na styku 3 biogeogafických zón, Západných a Východných Karpát a Panónie, patrí z hľadiska rozmanitosti pôvodného rastlinstva medzi najbohatšie v Európe – rastie tu približne 32% z celkového počtu druhov rastlín uvádzaných z nášho kontinentu. Je križovatkou migračných ciest organizmov a jedným z najsevernejších centier endemizmu v Európe. Našou úlohou je tieto jedinečné prírodné hodnoty našej krajiny spoznávať, upozorňovať na ne, a spolupodieľať sa na ich ochrane pre nasledujúce generácie.
Cieľom nášho výskumu je
- objasňovať procesy podmieňujúce vznik a zachovanie diverzity študovaných organizmov a ich spoločenstiev,
- spoznávať mechanizmy vývinu rastlinných buniek a ich adaptácie na podmienky prostredia s dôrazom na abiotický a biotický stres,
- objavovať a dokumentovať diverzitu a rozšírenie organizmov a ich spoločenstiev.
Len vďaka týmto poznatkom dokážeme zachovať nenahraditeľné funkcie študovaných organizmov a ich spoločenstiev ako pre ekosystémy, ktorých sú súčasťou, tak aj pre ľudskú spoločnosť, pre ktorú poskytujú služby, úžitky a ekonomické hodnoty.
Poskytujeme konzultácie a expertízu v rôznych oblastiach aplikovaného výskumu biodiverzity a environmentálneho monitoringu.Spravujeme a udržiavame zbierku cievnatých rastlín, lichenizovaných a nelichenizovaných húb, machorastov a rias registrovanú v databáze Index Herbariorum (SAV).